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沃特世蛋白質(zhì)離子交換色譜柱IEX分離一般通過提高鹽濃度、改變pH或同時(shí)提高鹽濃度和改變pH實(shí)現(xiàn)，低電荷態(tài)的蛋白質(zhì)分子會(huì)比高電荷態(tài)的蛋白質(zhì)分子更早洗脫。根據(jù)目標(biāo)蛋白質(zhì)類型和分離的pH不同，應(yīng)選擇陰離子或陽(yáng)離子交換劑用于分離。此外，梯度持續(xù)時(shí)間、緩沖液組成和pH、流速以及分離溫度都是分離目標(biāo)蛋白質(zhì)的重要影響因素。

沃特世肽分析離子交換色譜柱離子交換色譜基于電荷差異進(jìn)行肽分離，與傳統(tǒng)的反相色譜相比，更適合需要不同/正交分離機(jī)制的分析。通常情況下，采用鹽濃度不斷增加的梯度進(jìn)行分離，體積較小且所帶電荷較少的肽會(huì)在較長(zhǎng)的肽片段之前洗脫。與反相肽分離不同，洗脫液的pH會(huì)顯著影響分離，因此需要進(jìn)行方法開發(fā)以獲得滿意的色譜結(jié)果。

沃特世肽分析反相色譜柱使用離子對(duì)試劑（如TFA和甲酸）的反相色譜可以在復(fù)雜多肽混合物（例如胰蛋白酶蛋白質(zhì)酶解物或長(zhǎng)鏈合成肽序列，這些肽的序列差異可能僅僅在于個(gè)別氨基酸）的分析中實(shí)現(xiàn)高效分離。通常，肽的疏水性決定了洗脫順序，疏水性Z小的肽將首先洗脫出來。

沃特世SEC肽分析液相色譜柱體積排阻（又稱凝膠過濾）色譜基于蛋白質(zhì)在溶液中的體積（流體動(dòng)力學(xué)半徑）而不是分子量對(duì)其進(jìn)行分離，體積較大的物質(zhì)會(huì)在體積較小的肽之前洗脫。這種等度洗脫技術(shù)的主要驅(qū)動(dòng)機(jī)制基于填充柱中SEC顆粒的孔徑和體積。隨著目標(biāo)肽的分子量增大，應(yīng)選擇顆粒孔徑相對(duì)較大的SEC色譜柱。與其它生物分離一樣，在要求極為嚴(yán)苛的應(yīng)用中，相較于基于HPLC的色譜柱，使用粒徑更小的UPL

沃特世游離寡糖分析色譜柱：分析由大量相似和重復(fù)糖基組成的復(fù)雜N-糖和O-糖時(shí)，需要采用具有高分辨率的色譜方法。親水作用液相色譜（HILIC）法可使用填充有沃特世酰胺鍵合、亞乙基橋雜化 （BEH）顆粒技術(shù)的UPLC、HPLC或UHPLC色譜柱，根據(jù)不同的疏水性來分離化合物。

沃特世nanoACQUITY UPLC液相色譜柱：nanoACQUITY UPLC®捕集柱、納升級(jí)色譜柱以及毛細(xì)管色譜柱是專門為Waters nanoACQUITY UPLC/MS聯(lián)用系統(tǒng)設(shè)計(jì)的。 提供多種不同的色譜柱化學(xué)，包括1.7 µm顆粒的BEH，130Å 和300Å C18填料顆粒： 新型的柱過濾片設(shè)計(jì)保證色譜柱有非常好的使用壽命 *的接口，有效保持良好的分離性能

沃特世ACQUITY UPLC M-Class液相色譜柱：ACQUITY UPLC M-Class色譜柱專為Waters ACQUITY UPLC M-Class系統(tǒng)以及納升級(jí)至微升級(jí)液相色譜分離而設(shè)計(jì)。使用經(jīng)優(yōu)化的亞2 μm顆粒，提供Z大樣品回收率和Z佳色譜分離度。

沃特世MassPREP在線脫鹽小柱MassPREP微型脫鹽小柱含有聚合物反相填料，適用于質(zhì)譜分析之前的蛋白樣品脫鹽。這些在線裝置中的苯基相填料能夠成功保留蛋白質(zhì)，并且在蛋白洗脫液進(jìn)入質(zhì)譜前將鹽沖洗到廢液中。采用*的LC/MS方法可使循環(huán)時(shí)間縮短至4分鐘。